Новая эпоха для айчынных архіваў пачалася ў 1991 годзе, калі на карце свету з’явілася Рэспубліка Беларусь. Пры гэтым працэс суверэнізацыі ў сферы кіравання архіўнай справай рэспублікі працякаў паступова, паколькі першапачаткова акалічнасці не патрабавалі якіх-небудзь неадкладных структурных і арганізацыйных змен. Тым не менш неабходна было вызначыцца з будучыняй архіваў Кампартыі і Камсамола.
Згодна з Пастанаўленнем Вярхоўнага Савета БССР ад 25 жніўня 1991 г. «Аб часовым прыпыненні дзейнасці КПБ – КПСС на тэрыторыі Беларускай ССР» былі апячатаны сховішчы і службовыя памяшканні Цэнтральнага партыйнага архіва КПБ (ЦПА). Цягам даволі працяглага часу яго лёс быў нявызначаны. З абласнымі партархівамі справы ішлі прасцей. Ужо 24 снежня 1991 г. Галоўархіў накіраваў у архіўныя аддзелы аблвыканкамаў ліст «Аб арганізацыі прыёму дакументаў партыйных архіваў і бягучага справаводства партыйных камітэтаў і забеспячэнні іх захаванасці», у якім загадвалася стварыць на базе партархіваў абласныя дзяржархівы грамадскіх аб’яднанняў і арганізацый. Пры гэтым неабходна было забяспечыць захаванасць дакументаў і навукова-даведачнага апарата. Аднак у рэальнасці былі створаны толькі два дзяржаўныя архівы грамадскіх аб’яднанняў – у Гродна, Магілёве і Гомеле. У астатніх абласцях памяшканні і фонды партархіваў былі перададзены абласным дзяржархівам. У снежні 1991 г. на базе Інстытута гісторыка-палітычных даследаванняў Кампартыі Беларусі (да кастрычніка 1990 г. – Інстытут гісторыі партыі пры ЦК КПБ) быў створаны Беларускі навукова-даследчы цэнтр дакументазнаўства і рэтраінфармацыі (цяпер БелНДІ дакументазнаўства і архіўнай справы – БелНДІДАС). Да стварэння ў 1998 г. Беларускага навукова-даследчага цэнтра электроннай дакументацыі (БелНДЦЭД) ён заставаўся адзінай спецыялізаванай навуковай арганізацыяй у галіне.
Між тым пытанне пра ЦПА так і не было вырашана. У выніку 10 жніўня 1992 г. ЦДГА быў аб’яднаны з ЦПА ў Нацыянальны архіў Рэспублікі Беларусь (НАРБ). Узначаліў новую структуру былы дырэктар Цэнтральнага партархіва Я.І. Бараноўскі, які адначасова кіраваў створаным на базе ЦПА Цэнтрам дакументаў грамадскіх аб’яднанняў і арганізацый НАРБ. Пры гэтым «гістарычная» частка Нацыянальнага архіва (Цэнтр гістарычных дакументаў НАРБ) функцыянавала аўтаномна, кіравала ёю былы дырэктар ЦДГА А.К. Галубовіч.
Урад Беларусі прыняў 5 кастрычніка 1992 г. Пастанаўленне «Аб пераўтварэнні Галоўнага архіўнага ўпраўлення пры Савеце Міністраў Рэспублікі Беларусь у Камітэт па архівах і справаводстве пры Савеце Міністраў Рэспублікі Беларусь». Тым самым павысіўся арганізацыйны статус органа кіравання архіўнай справай. Акрамя таго, у самой назве падкрэслівалася не толькі важнасць справаводства для вырашэння задач архіўнай справы, але і раўназначнасць гэтых дзвюх сфер. Сам орган кіравання стаў скарочана называцца Белкамархіў.
Зацверджанае 21 мая 1993 г. Саўмінам Беларусі Палажэнне аб Камітэце па архівах і справаводстве вызначала Белкамархіў як міжведамасны орган кіравання, падпарадкаваны ўраду. У пераліку задач, якія раней стаялі перад Галоўрхівам (дзяржкіраванне архіўнай сферай і справаводствам, арганізацыя захаванасці дакументаў, арганізацыя камплектавання архіваў дакументамі, іх выкарыстання і г. д.), з’явіліся і новыя – арганізацыя дзяржаўнага ўліку дакументаў, устанаўленне і развіццё сувязей з замежнымі архіўнымі ўстановамі, а таксама ўдзел у стварэнні афіцыйных сімвалаў дзяржавы, у развіцці мясцовай і ведамаснай геральдыкі.
Дадаліся і новыя функцыі: вызначэнне парадку ўтылізацыі дакументаў; ініцыяванне судовых іскаў аб перадачы ва ўласнасць дзяржавы архіваў юрыдычных асоб, якія парушылі заканадаўства аб архівах і не выканалі законных патрабаванняў органаў дзяржаўнай архіўнай службы; распрацоўка норм, рэгламентацыя прававой работы ў архіўных установах; каардынацыя дзейнасці арганізацый і грамадзян па збіранні фондаў асабістага паходжання; распрацоўка падручнікаў, дапаможнікаў, навучальных праграм для студэнтаў, узаемадзеянне з мясцовымі органамі ўлады і ўпраўлення па пытаннях сацыяльнага забеспячэння архівістаў і г. д.
Далейшае прававое рэгуляванне архіўнай справы ў краіне будавалася на аснове Закона «Аб Нацыянальным архіўным фондзе і архівах у Рэспубліцы Беларусь», падпісанага Прэзідэнтам 6 кастрычніка 1994 г. (зараз штогод 6 кастрычніка адзначаецца Дзень архівіста). Упершыню на ўзроўні закона былі зафіксаваны асноўныя структурныя элементы і прынцыпы работы архіўнай галіны. Вызначаўся прававы статус дзяржархіваў – рэспубліканскіх, абласных і занальных. Філіялы абласных архіваў атрымалі назву дзяржаўных занальных. Законам упершыню замацоўвалася паняцце «Дзяржаўная архіўная служба Рэспублікі Беларусь» (ДАС), якое ўключала дзяржархівы і органы дзяржкіравання архіўнай справай: Белкамархіў і аддзелы па архівах і справаводстве выканкамаў абласных і Мінскага гарадскога Саветаў дэпутатаў.
Таксама было ўведзена такое паняцце, як Нацыянальны архіўны фонд Рэспублікі Беларусь (НАФ). Аднак яго змест адрозніваўся ад паняцця «Дзяржаўны архіўны фонд», якое выкарыстоўвалася ў савецкі час. Ва ўмовах дыферэнцыяцыі ўласнасці на дзяржаўную і недзяржаўную змяніўся сам статус дакумента як аб’екта права і, у прыватнасці, як аб’екта валодання. НАФ быў падзелены на дзяржаўную і недзяржаўную часткі. Такая яго структура была адлюстравана ў зацверджаным 20 верасня 1996 г. Указам Прэзідэнта «Палажэнні аб Нацыянальным архіўным фондзе Рэспублікі Беларусь». Гэты дакумент вызначаў парадак уліку, захоўвання, выкарыстання архіўных дакументаў, а таксама асновы прававога рэгулявання пытанняў уласнасці на іх.
Прэзідэнцкім Указам ад 22 верасня 1994 г. Камітэт па архівах і справаводстве быў падпарадкаваны Адміністрацыі Прэзідэнта. Пры гэтым, выйшаўшы з падпарадкавання ўрада, Камітэт захаваў ранейшую скарочаную назву – Белкамархіў.
У ліпені 1995 г. Загадам старшыні Белкамархіва А.М. Міхальчанкі «Аб сетцы і структуры архіўных устаноў» быў ліквідаваны НАРБ. На базе комплексу дакументаў XIV – пачатку XX стст. створаны Нацыянальны гістарычны архіў Рэспублікі Беларусь (з 23 кастрычніка 1995 г. – Нацыянальны гістарычны архіў Беларусі), а комплекс дакументаў былога ЦПА КПБ аб’яднаны з дакументамі Беларускага дзяржаўнага архіва, які быў перайменаваны ў Нацыянальны архіў Рэспублікі Беларусь. Крыху раней Беларускі дзяржаўны гістарычны архіў у г. Гродна быў перайменаваны ў Нацыянальны гістарычны архіў у г. Гродна (з верасня 1996 г. – Нацыянальны гістарычны архіў Беларусі ў г. Гродна).
Такім чынам, у 1995–1996 гг. завяршылася фарміраванне сістэмы рэспубліканскіх, абласных і занальных дзяржархіваў, якая застаецца нязменнай да гэтага часу.
Указам Прэзідэнта ад 11 студзеня 1997 г. № 30 «Аб сістэме рэспубліканскіх органаў дзяржаўнага кіравання, падпарадкаваных Ураду Рэспублікі Беларусь» Белкамархіў быў выведзены з падпарадкавання Адміністрацыі і пераўтвораны ў Дзяржаўны камітэт па архівах і справаводстве Рэспублікі Беларусь (Дзяржкамархіў). Статус Камітэта быў павышаны да ўзроўню рэспубліканскага органа дзяржкіравання, а яго старшыня ўведзены ў склад Савета Міністраў.
Палажэнне аб Дзяржкамархіве было зацверджана Саўмінам 26 мая 1997 г. Паводле яго, на Камітэт было ўскладзена вядзенне Дзяржаўнага страхавога фонду дакументацыі на аб’екты і вырабы народнагаспадарчага і абароннага значэння, Гербавага матрыкула Рэспублікі Беларусь (пазней – Дзяржаўнага геральдычнага рэгістра Рэспублікі Беларусь), а таксама стварэнне ўмоў для эфектыўнага выкарыстання электронных дакументаў і інш.
Павышэнне статусу органа кіравання архіўнай справай дало магчымасць вырашыць шэраг праблемных для ўсёй галіны пытанняў. У прыватнасці, гэта датычылася павышэння эфектыўнасці дзяржаўнага нагляду за выкананнем заканадаўства па архіўнай справе – у 1998 годзе была створана Дзяржаўная інспекцыя па архівах і справаводстве (Дзяржархіўнагляд). Таксама ўдалося вырашыць сацыяльна значную праблему захавання дакументаў па асабовым складзе, неабходных для забеспячэння законных правоў і інтарэсаў грамадзян на сацыяльнае страхаванне і сацыяльнае забеспячэнне. Пастанаўленнем Саўміна ад 26 сакавіка 1998 г. «Аб асноўных напрамках развіцця архіўнай справы і справаводства ў Рэспубліцы Беларусь да 2000 года» аблвыканкамам і Мінскаму гарвыканкаму было рэкамендавана паэтапна ўтварыць раённыя і гарадскія архівы па асабістым складзе.
Як асобны від дзяржархіваў раённыя і гарадскія архівы былі ўключаны ў новую рэдакцыю Закона «Аб Нацыянальным архіўным фондзе і архівах у Рэспубліцы Беларусь», падпісаную Прэзідэнтам 6 студзеня 1999 г. У цэлым жа ў новай рэдакцыі шэраг норм быў скарэкціраваны з улікам вопыту іх прымянення на практыцы. Закон стаў больш дасканалы і дакладны ў фармулёўках і функцыянаваў аж да прыняцця 25 лістапада 2011 г. новага архіўнага Закона.
Згодна з «Палажэннем аб дзяржаўнай рэгістрацыі і ліквідацыі (спыненні дзейнасці) суб’ектаў гаспадарання», зацверджаным Дэкрэтам Прэзідэнта ад 16 сакавіка 1999 г., райгарархівы былі выведзены з катэгорыі дзяржаўных і атрымалі назву тэрытарыяльных (гарадскіх і раённых) архіваў мясцовых выканаўчых і распарадчых органаў. У наступныя чатыры гады была створана сетка са 126 тэрытарыяльных архіваў, колькасць якіх на сённешні дзень скарацілася да 123.
У верасні 2001 г. Дзяржкамархіў часова страціў статус дзяржаўнага органа і быў пераўтвораны ў Нацыянальны цэнтр па архівах і справаводстве (Цэнтрархіў), які быў падпарадкаваны Саўміну. Аднак 3 чэрвеня 2002 г. выйшаў Указ Прэзідэнта, паводле якога Цэнтрархіў быў пераўтвораны ў Камітэт па архівах і справаводстве пры Савеце Міністраў Рэспублікі Беларусь (Белкамархіў) і вярнуў сабе статус рэспубліканскага органа кіравання.
Чарговая і на гэты момант апошняя рэарганізацыя органа кіравання архіўнай справай адбылася 5 мая 2006 г.: у адпаведнасці з Указам Прэзідэнта «Аб структуры Урада Рэспублікі Беларусь» Белкамархіў быў пераўтвораны ў Дэпартамент па архівах і справаводстве Міністэрства юстыцыі. Новы орган атрымаў статус структурнага падраздзялення цэнтральнага апарата міністэрства з правамі юрыдычнай асобы і паўнамоцтвамі ажыццяўляць «спецыяльныя (выканаўчыя, кантрольныя, рэгулюючыя і іншыя) функцыі ў сферы архіўнай справы і справаводства».
25 лістапада 2011 г. быў прыняты новы Закон «Аб архіўнай справе і справаводстве ў Рэспубліцы Беларусь». Пры яго распрацоўцы было вырашана адысці ад трактоўкі архіва як сукупнасці архіўных дакументаў. Закон вызначае архіў як «арганізацыю або структурнае падраздзяленне арганізацыі, якія ажыццяўляюць прыём, захоўванне, улік і выкарыстанне архіўных дакументаў». Паняцці «органы Дзяржаўнай архіўнай службы Рэспублікі Беларусь» і «ўстановы Дзяржаўнай архіўнай службы Рэспублікі Беларусь» былі заменены адпаведна на «органы архіўнай справы і справаводства» і «дзяржаўныя архіўныя ўстановы». З Закона былі выключаны тэрміны «Дзяржаўная архіўная служба Рэспублікі Беларусь», «інфармацыйны рэсурс», «тайны архіў» і інш.
Змянілася і класіфікацыя архіваў. Згодна з Законам, яны сталі падзяляцца на дзяржаўныя (рэспубліканскія, абласныя, г. Мінска і занальныя), тэрытарыяльныя (гарадскія або раённыя), архівы дзяржаўных органаў, архівы іншых арганізацый.
Таксама ў новым Законе ўжо не згадваецца Збор НАФ, які раней выступаў у якасці банка абагульняючай інфармацыі аб складзе і змесце дакументаў Нацыянальнага архіўнага фонду. Яго замяніў Дзяржаўны фондавы каталог НАФ (ДФК), які аднесены да дзяржаўных рэспубліканскіх рэсурсаў і зарэгістраваны ў Дзяржаўным рэгістры інфармацыйных рэсурсаў 22 кастрычніка 2001 г. пад № 0200100017. С кастрычніка 2012 г. інфармацыя ДФК аб саставе, змесце і месцазнаходжанні больш за 50 тыс. фондаў, якія знаходзяцца на пастаянным захоўванні ў дзяржаўных архівах Рэспублікі Беларусь, даступна на сайце «Фондавы каталог дзяржаўных архіваў Рэспублікі Беларусь».
Акрамя таго, Законам прадугледжана, што дзяржорганы і іншыя арганізацыі абавязаны ствараць архівы ў мэтах назапашвання, захоўвання, уліку і выкарыстання дакументаў НАФ, якія ўтварыліся ў працэсе іх дзейнасці. У параўнанні з Законам «Аб НАФ» 1994 г. гэтая норма набыла імператыўны характар.
За гады незалежнасці беларускія архівы і органы кіравання архіўнай справай зрабілі вялікую працу па будаўніцтве і рэканструкцыі архівасховішчаў, камплектаванні фондаў каштоўнымі дакументамі, па ўліку і выкарыстанні архіўных матэрыялаў у навуковых і практычных мэтах. Было палепшана матэрыяльнае становішча архівістаў. Сур’ёзных поспехаў удалося дасягнуць у сферы інфарматызацыі архіваў і іх тэхнічнага абсталявання. У прыватнасці, была распрацавана Сістэма адкрытага доступу да дакументаў Нацыянальнага архіўнага фонду Рэспублікі Беларусь (САДД НАФ), якая дала тысячам карыстальнікаў магчымасць аддаленай работы з навукова-даведачным апаратам і дакументамі, якія захоўваюцца ў дзяржархівах. Дасягненні айчыннай архіўнай галіны не засталіся незаўважанымі і на міжнароднай арэне – беларускія архівісты з’яўляюцца пастаяннымі ўдзельнікамі міжнародных кангрэсаў і канферэнцый, а іх вопыт, прызнаны па многіх напрамках перадавым, выклікае пільную цікавасць з боку замежных калег.